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norae:biologicus:biohacking_note-bioinfosec

Notes sur le croisement de BdD et analyses génétiques depuis les tests ADN récréactifs

Avant-propos

Il s'agit ici de notes de recherche-action

Démarrer

Télécharger facilement des ensembles de données“ - La fonction de téléchargement de masse d'openSNP vous permet de télécharger facilement le génotypage complet des données brutes dans les formats de fichiers fournis par 23andMe, deCODEme et FamilyTreeDNA. openSNP : https://opensnp.or - Github : https://github.com/openSNP/snpr

  • possibilité d'atablir une liste des probabilité de maladie grâce à ces données

Savoirs

Décomposition par minimisation de l'entropie

ADN : la séquence peut être vue comme une suite de 4 événements aléatoires (A,C,G,T) ex: aligner plusieurs séquences d'ADN et calculer la fréquence des 4 nucléotides puis l'entropie sur chaque position. Alors il est possible de quantifier une certitude (2-entropie) sur la présence d'un nucléotide dans un motif particulier.

“Minimum entropy decomposition: Unsupervised oligotyping for sensitive partitioning of high-throughput marker gene sequences” https://www.nature.com/articles/ismej2014195

ismej2014195f1.jpg

Peut être utile pour comprendre

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norae/biologicus/biohacking_note-bioinfosec.txt · Dernière modification: 2019/03/22 09:42 par xavcc